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商业合同是商业交易中不可或缺的一部分，它规定了交易双方之间的权利、义务和责任。在商业合同的制定过程中，双方应当遵守法律法规，合法合理地约定合同条款，以保障合同的有效性和合法性。  

然而，在现实生活中，有时商业合同中可能会包含不合法的内容，这种情况下应该如何处理？  

首先，不合法的合同条款应当被认定为无效。根据我国《合同法》的规定，合同的效力应当符合法律法规的规定，禁止违反法律法规强制性规定、社会公共利益等原则的条款。因此，如果商业合同中存在不合法的内容，只要该内容与法律法规相抵触，就应被认定为无效。  

其次，当一个合同中存在不合法条款时，该如何处理其他合法条款？对于这个问题，我们需要区分合同的主从关系。合同中的合法条款通常是建立在主要合同条款之上的，如果主要合同条款无法执行，那么其他附属条款也就失去了效力。因此，如果一个商业合同中的某些条款被认定为不合法，那么其他合法的条款也将无效。  

第三，当商业合同中存在不合法条款时，如果这些条款对当事人之间的权利义务产生了影响，应如何处理？在这种情况下，双方当事人可以依据《合同法》的规定进行协商。可以通过重新协商、修改、补充等方式解决争议。如果不能协商成功，则当事人可以选择向仲裁机构或法院起诉，以维护自己的合法权益。  

最后，商业活动中的交易双方应该遵守法律法规，理性合理地制定合同条款，保障交易双方的合法权益。当商业合同中出现不合法的内容时，双方应该本着诚信原则，积极寻求解决办法，确保合同的有效性和合法性。  

总之，在商业活动中，商业合同的签订是非常重要的一环。商业合同中包含的内容必须符合法律法规的规定。如果商业合同中出现了不合法的内容，应及时予以处理，保障自身合法权益，并以此为教训，学会更加合理规避风险，完善自身经营管理。