您好！根据您的描述，您和您的妻子都姓谢，但是您妻子的户口本与您一样姓谢。如果您想在农村开设一个小超市并申请烟草证，一般来说，需要按照户口本上的姓氏进行申请。所以，您应该以姓谢的户口本为准，申请以姓谢开的烟草证。如果有具体的法律规定或政策要求，建议您咨询当地相关部门或律师以获取准确的信息。
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